Masa depan yang jauh, 5012.
Invasi udara yang tiba-tiba ke Bumi oleh ＜ Alien ＞ dan ciptaan mereka ＜ Bentuk Kehidupan Mesin ＞ membawa umat manusia ke jurang kepunahan. Jumlah manusia yang selamat yang berlindung di bulan untuk mengatur serangan balik menggunakan tentara ＜android＞ untuk merebut kembali Bumi.
Namun, perang mencapai jalan buntu karena ＜Bentuk Kehidupan Mesin＞ terus berlipat ganda tanpa batas. Pada gilirannya, umat manusia menyebarkan unit baru tentara android sebagai senjata pamungkas: ＜YoRHa＞
Baru dikirim ke Bumi ＜2B＞ bergabung dengan ＜9S＞, analis saat ini ditempatkan di sana, di mana di tengah misi mereka, mereka menghadapi segudang fenomena misterius…
Ini adalah kisah tentang ＜android＞ yang tak bernyawa ini dan perjuangan tanpa akhir mereka demi umat manusia.
